文山學院下設9個二級學院，文山三七研究院、三七文化研究院、文山州生物資源開發研究中心、文山州革命老區建設與發展研究中心、老山精神與文化國防研究中心、楚圖南文化研究中心、民族文化傳承與創新研究中心、滇東南區域經濟社會研究所、應用數學研究所等九個研究機構和一所附屬中小學。現有教職工618人，其中專任教師479人，具有副高職稱以上教師158人，具有碩士學位以上教師297人。有云南省突出貢獻專家4人，享受省政府特殊津貼專家2人，云南省教學名師3人，云南省技術創新人才5人，云嶺產業技術領軍人才2人，云南省高校卓越青年教師特殊培養項目對象3人，建有“云南省高校特色植物資源開發利用工程中心”、“云南省三七工程技術研究中心”、“云南省三七農業工程實驗室”、“云南省高校三七應用技術研究重點實驗室”等省級研究中心和實驗室，綜合性學術期刊《文山學院學報》面向國內外公開發行。