學校由原四川大學、原成都科學技術大學、原華西醫科大學三所全國重點大學經過兩次合并而成。原四川大學起始于1896年四川總督鹿傳霖奉光緒特旨創辦的四川中西學堂，是西南地區最早的近代高等學校；原成都科學技術大學是新中國院系調整時組建的第一批多科型工科院校；原華西醫科大學源于1910年由西方教會組織在成都創辦的華西協合大學，是西南地區最早的西式大學和中國最早培養研究生的大學之一。1994年原四川大學和原成都科學技術大學合并為四川聯合大學，1998年恢復“四川大學”校名。2000年與原華西醫科大學合并組建為新的四川大學。