兩者的創辦者不同：

　　民辦的本科高校由民辦企業事業組織、社會團體及其他社會組織和公民個人創辦。

　　公辦的本科高校由國家政府部門創辦。

　　兩者的資金和經費來源不同：

　　民辦的本科高校的資金和經費來自私人經費，屬于非國家財政性教育經費。

　　公辦的本科高校的資金和經費基本全部來源于政府的財政撥款。