安徽工程大學現有學科涵蓋工、理、文、管、經、法、藝等門類；設有機械與汽車工程學院等14個教學院部：機械與汽車工程學院、電氣工程學院、紡織服裝學院、生物與化學工程學院、管理工程學院、計算機與信息學院、藝術學院、數理學院、人文學院、外國語學院、體育學院、建筑工程學院、思想政治理論課教學部、繼續教育學院。