學校創建于1902年的三江師范學堂，后歷經兩江師范學堂、南京高等師范學校、國立東南大學、國立中央大學等重要發展時期。1952年全國高校院系調整，學校文理等科遷出，以原國立中央大學工學院為主體，先后并入復旦大學、交通大學、浙江大學、金陵大學等校的.有關系科，在國立中央大學本部原址建立了南京工學院。1988年5月，學校復更名為東南大學。2000年4月，原東南大學、南京鐵道醫學院、南京交通高等專科學校合并，南京地質學校并入，組建新的東南大學。