學校的前身是創建于1935年的廣東省立高級水產職業學校。1997年1月10日,湛江水產學院和湛江農業專科學校合并組建湛江海洋大學。2001年12月,全國重點中專湛江氣象學校并入。2005年6月15日,經教育部批準,湛江海洋大學更名為廣東海洋大學。
截至2021年5月,學校有湖光校區(校本部)、霞山校區、海濱校區三個校區總面積4892畝,校舍總建筑面積80.37萬平方米,圖書館藏書392萬冊,教學科研設備值5.51億元,固定資產值20.68億元;學校設有19個二級學院、1個獨立學院,有81個本科專業,39個高職高專專業;有全日制本科生、研究生、留學生近3.5萬人,獨立學院2.1萬人,成人高等教育學生1.2萬人。