贛南師范大學音樂學院辦學歷史始于1960年9月的贛南師范專科學校藝術科,后來成立了藝術系(含音樂與美術兩個專業)。2000年3月從藝術系分離出來,成立了音樂系;2004年,在音樂系的基礎上成立了音樂學院。1994年開始招收音樂學(含舞蹈方向)本科專業;2002年開始招收舞蹈學本科專業,2013年開始招收舞蹈表演本科專業;2006年開始招收攻讀“音樂課程與教學論”碩士學位研究生;2012年開始招收音樂與舞蹈學碩士研究生;2013年開始招收教育碩士學科教學(音樂)專業學位研究生;2015年開始招收藝術碩士(含音樂、舞蹈、戲曲三個領域)專業學位研究生,現已自主設置和備案了一個二級學科碩士學位授權點,2016年開始招生。
音樂學院有三個碩士學位授權點,四個本科專業(音樂學、音樂表演、舞蹈學、舞蹈表演)。