譚嗣同乃激進之反滿革命黨，其參與維新，隱含推翻滿清之旨；楊深秀代康有為呈遞了至為關鍵的部署“圍園殺后”計劃的奏折，但楊本人是否了解奏折之玄機，尚不得而知。事實上，所謂“戊戌六君子”，唯有譚嗣同一人，清楚地了解自己因何而死，且確實愿意為之而死。今人多將譚氏歸入維新派之列，實際上，早在入軍機處之前，譚氏即已深植強烈的反滿立場。以其著作《仁學》為例，因反滿思想激烈，生前僅梁啟超、章太炎等有限幾位好友得見。其中如此寫道：
“成吉思汗之亂也，西國猶能言之；忽必烈之虐也，鄭所南《心史》紀之；有茹痛數百年不敢言不敢紀者，不愈益悲乎！《明季稗史》中之《揚州十日記》、《嘉定屠城紀略》，不過略舉一二事，當時既縱焚掠之軍，又嚴薙發之令，所至屠殺虜掠，莫不如是。即彼準部（準格爾），方數千里，一大種族也，遂無復乾隆以前之舊籍，其殘暴為何如矣。亦有號為令主者焉，及觀《南巡錄》所載淫擄無賴，與隋煬、明武不少異，不徒鳥獸行者之顯著《大義覺迷錄》也。臺灣者，東海之孤島，于中原非有害也。鄭氏據之，亦足存前明之空號，乃無故貪其土地，攘為己有。攘為己有，猶之可也，乃既竭其二百余年之民力，一旦茍以自救，則舉而贈之于人。其視華人之身家，曾弄具之不若。噫！以若所為，臺灣固無傷耳，尚有十八省之華人，宛轉于刀砧之下，瑟縮于販賈之手，方命之曰：此食毛踐土者之分然也。夫果誰食誰之毛？誰踐誰之土？久假不歸，烏知非有。人縱不言，己寧不愧于心乎？吾愿華人，勿復夢夢謬引以為同類也。夫自西人視之，則早歧而為二矣，故俄報有云：‘華人苦到盡頭處者，不下數兆，我當滅其朝而救其民。’凡歐、美諸國，無不為是言，皆將藉仗義之美名，陰以漁獵其資產。華人不自為之，其禍可勝言哉？”
正因為譚氏有如此強烈的仇滿情緒及“十八省華人”意識，戊戌年之前，他曾屢次言及新疆、西藏、滿洲、蒙古、青海等地均可賣給英、俄等國，以籌措資金作變法之用；更對當時倡導“保中國不保大清”之康有為一見傾心，執弟子之禮，且與康黨秘密籌劃“湖南自立”。也正因為此種革命黨立場，為自身安全計，譚氏曾想買一個外國功名作護身符。1896年12月，譚嗣同致信汪康年，打聽外國人開捐功名之事，準備買捐受外國人保護。譚氏說：“傳聞英、俄領事在上海開捐‘貢’、‘監’，捐者可得保護，藉免華官妄辱冤殺，不識確實否？保護到如何地步？價值若干？有辦捐章程否？嗣同甚愿自捐，兼為勸捐，此可救人不少……嗣同求去湖北，如鳥獸之求出檻縶；求去中國，如敗舟之求出風濤；但有一隙可乘，無所不至。若英、俄之捐可恃，則我輩皆可免被人橫誣為會匪而冤殺之矣。伏望詳查見復。”
對譚氏之政治立場，張之洞似乎有所察覺。譚氏應召赴京，過湖北見張之洞，張氏曾語帶譏諷，謂譚氏：“君非倡自立民權乎，今何赴征？”革命黨人章士釗深悉譚氏戊戌年進入軍機之真意圖，章氏稱：“（譚）嗣同（唐）才常，與（沈藎）談天下前局，其旨趣雖有出入，而手段無不相同。故嗣同先為北京之行，意覆其首都以號令天下。……以嗣同天縱之才，豈能為愛新覺羅之所買，志不能逮，而空送頭顱，有識者莫不慨之。”譚氏之絕命詩有“留將公罪后人論”之句，《仁學》中謂：“謀反，公罪也”，此乃譚氏臨終，隱晦表示自己乃為反滿革命而死，非為維新而死
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